PAINEL DE MUTAÇÕES DE NEOPLASIAS MIELÓIDES
Instruções para paciente
O painel de mutações para neoplasias mieloides está baseado no sequenciamento de nova geração de 69 genes (42 genes completos e 27 genes com regiões hotspot) e de região de fusão de 27 genes principalmente envolvidos nas neoplasias mieloidesSão verificadas as seguintes alterações:
- alterações de nucleotídeo único (SNVs),
- pequenas inserções e deleções (INDELS)
- fusões gênicas
O ensaio fornece o perfil de mutações e o percentual de apresentação das variantes, ao diagnóstico e em amostras pós-tratamento, porém para estas últimas a sensibilidade pode, eventualmente, ser insuficiente.
Lista dos 69 genes avaliados com os respectivos éxons de interesse (para alterações de SNV e INDELS por sequenciamento de DNA):
ABL1 (4-9); ANKRD26 (1-4); ASXL1 (completo); ATM (completo); ATRX (8-10 e 15-31); BCOR (completo); BCORL1 (completo); BRAF (6, 11-16, 18); CALR (completo); CBL (8 e 9); CBLB (9 e 10); CBLC (9 e 10); CDKN2A (completo); CDKN2B (completo); CEBPA (completo); CREBBP (completo); CSF3R (14-17); CUX1 (completo); DDX41 (completo); DNMT3A (completo); ELANE (completo); ETNK1 (2-5); ETV6 (completo); EZH2 (completo); FBXW7 (9-12); FLT3* (11, 14-21); GATA1 (2-4); GATA2 (completo); GNAS (8 e 9); HRAS (completo); IDH1 (4); IDH2 (4); IKZF1 (completo); JAK2 (completo); JAK3 (completo); KDM6A (completo); KIT (2, 8-11, 13,14, 17, 18); KMT2A (completo); KRAS (completo); MPL (10-12); MYD88 (completo); NF1 (completo); NOTCH1 (3-6, 8, 10, 13, 15, 17, 18, 20, 25-28, 32-34); NPM1 (7, 9-11); NRAS (2 e 3); PDGFRA (12, 14 e 18); PHF6 (completo); PRPF8 (completo); PTEN (completo); PTPN11 (1-4, 6-13); RAD21 (completo); RB1 (completo); RUNX1 (completo); SETBP1 (4); SF3B1 (10-16, 19); SH2B3 (completo); SMC3 (4, 6, 7, 9, 11-13, 15, 16, 18-21, 23-25, 27, 28); SRP72 (6 e 10); SRSF2 (completo); STAG2 (completo); STAT3 (completo); STK11 (completo); TERC (completo); TERT (completo); TET2 (completo); TP53 (completo); U2AF1 (2, 6, 8); WT1 (completo); ZRSR2 (completo)
*Variantes do tipo ITD (duplicação interna em tandem) e TKD (domínio tirosinoquinase) no gene FLT3 são pesquisadas por meio da técnica de eletroforese capilar.
Método: O protocolo consiste de DNA e de RNA a partir da amostra de sangue total ou de medula óssea. O protocolo segue um preparo inicial para a fragmentação das moléculas de DNA e inserção de adaptadores com indexes únicos e um outro preparo individualizado para a inserção de adaptadores com indexes distintos para as moléculas de RNA. Na sequência, ocorre o enriquecimento das regiões de interesse das moléculas de DNA e RNA (cDNA) por meio da hibridação de sondas individualizadas. A captura compreende a região codificadante de 69 genes (42 genes completos e 27 genes com regiões hotspot) e região de fusão de 27 genes principalmente envolvidos nas doenças mieloproliferativas, com sequenciamento na plataforma NextSeq500 (Illumina). Os dados do sequenciamento são processados em um programa de bioinformática desenvolvido e validado. As variantes identificadas e filtradas nesse programa passam por uma anotação gênica, análise e interpretação dos dados com base em algoritmos desenvolvidos internamente. Ressalte-se que a fusão de BCR-ABL1 apresenta um limite de detecção de 10%, pela escala internacional, neste teste. Assim, sugere-se que para acompanhamento de detecção da fusão BCR-ABL1 seja solicitado o teste de alta sensibilidade por PCR em tempo real (QBCRABL ou PH1PCR).